还有一个原因，二月二十号，卢象升率领三千军务兵团成员来到福建,开始军制改革。
郑芝龙来这里之前,朱由检已经把关于东南沿海地区军改的消息传达到了福建地区。
取消卫所,原有的总兵官职位取消,全部并入南海水师之中。
但郑芝龙刚来,没有直接动原有的兵制。
一方面是为了集中精力对付海盗，掌握更大的制海权，另一方面就是在等待卢象升过来。
对这位能臣，他早有耳闻，军务兵团的威名，从那些新军口中也可以听出来。
等到这些“专业的人”过来，对东南的军制更改，就可以更加顺利了。
在这东南地区，官僚，士绅以及海盗构成了一个紧密的利益团体，这里的官僚也是包括那些军官在内的。
只需要上下打点，他们就可以睁一只眼闭一只眼，任由一些听命于某些士绅的海盗劫掠地方，进而垄断海洋贸易权，让沿海的渔民无法生活，只能成为其中的一份子。
郑芝龙先灭了大部分的海盗，到现在已经触动了他们敏感的神经。
不过，郑芝龙作为南海水师总兵,本身掌握了那么强大的舰队,即使有些不忿或者其它的想法，也没有能够付诸行动。
而军改开始，他们却可以动一些手段了。
当然，他们的做法也就是暗中煽动那些普通士兵的情绪，让既得利益的土著军官们带着那些不知道事情真相的士兵反抗。
关于这一点，卢象升刚到，郑芝龙就向他反馈了问题。