天明在与月儿外出时再度晕倒，在梦里天明的身体分裂成善与恶，天明被告知父亲被盖聂所杀的真相，月儿再度用她的灵力让天明平静下来。赤练和白凤去杀盖聂，盖聂将其制服却仍旧放两人离去。大司命和少司命出现在天明面前，大司命以寻找盖聂杀荆轲真相为借口骗天明去咸阳。天明答应随大司命去咸阳，月儿发现天明的反常后阻止天明离去却未果。
第15集
天明一夜未眠，最终决定跟随大司命去咸阳，自己找出真相。月儿一路追赶天明来到了后山，被大司命用火墙挡住。天明担心月儿，却被大司命手刀击晕，交给少司命带往咸阳。听见大司命说要带天明去咸阳，月儿担心天明的安危，辞别少羽和班大师，一路快马加鞭，终于赶在马车之前找到了江边的巨子。月儿向巨子汇报天明被阴阳家的人带走，巨子怕天明卷入阴谋，安排小植和高月找韩信帮忙解救。天明询问扶苏，当年是否是盖聂杀了荆轲，得到了扶苏的肯定。但是，扶苏认为盖聂是个侠义之人，这么做必定另有隐情。天明询问公子扶苏对盖聂的看法，扶苏告诉他，盖聂心怀侠义行事磊落，是个难得的君子，自己之所以能够打消顾虑与巨子相谈，一方面是因为对墨家理念的认同，更重要的原因则是出于对盖聂的信任。少司命被东皇太一处以鞭刑，大司命心中疼惜无比，却不敢表现出来。月神与大司命一向不合，在看出大司命对少司命的喜爱后，三番五次的用语言刺激他，却反被其嘲笑“身为月神，却干着侍女的活”。盖聂等人回到了终南别馆，得知天明失踪，众人都非常担心。急性子的蓉儿立刻就要前去咸阳寻天明，恰好在门外见到小植带着天明和月儿回来。再次相聚，大家都很高兴，唯独天明对盖聂心存芥蒂，一直闷闷不乐。
第17集
蓉儿给天明诊脉，发现天明的病情恶化了很多，又奇怪他去咸阳做什么。询问月儿后得知天明已经知道荆轲是被盖聂所杀，受了阴阳家的蛊惑，所以才去了咸阳。经过月儿的提醒，蓉儿推测天明病情的恶化可能跟情绪有关。扶苏将巨子视作知音，命心腹去金府，将宫中的剿杀令传信给巨子。韩信得知秦王的计谋后，与家老用太平树的联络方式找到了巨子。巨子几次运功，想用内里将毒素逼出，却都以失败告终。月儿分析了最近发生的事情，推测商社被剿的事情与天明有关。为了不影响对天明的治疗，月儿叮嘱少羽不要告诉他。
第18集
少羽询问月儿对天明的格外关心，是不是因为心里在乎天明。月儿被说中心事，连忙借口医者仁心做掩饰。看穿了月儿的掩饰，又想到自己对月儿的在乎，少羽心中更加酸楚。面对天明的疑问，盖聂只说了是巨子的决定后，便一言不发。天明告诉盖聂，大家对他的隐瞒并不是保护，而是不信任。当年鞠玄（巨子）护送太子丹逃离燕国失败，为了躲避通缉，不给妻女引来祸端，鞠玄加入了墨家，之后更名换姓成为了墨家的首领巨子。为了墨家的事业，巨子无暇关心自己妻女。墨家发展壮大以后，巨子去找妻儿，却发现原本的家已经被烧毁，废墟之中找到了妻子碧华的一个盒子。巨子对自己这些年来的不管不问十分自责，于是跑去挖妻儿的坟墓，想把他们安葬在一个山清水秀的地方，永远陪着自己。
第19集
端木蓉将碧华是羲氏圣女一事告诉巨子，因为女儿遗传了圣女的血统，碧华被大司命带走之前偷偷将女儿托给端木蓉。巨子自觉此次中毒难逃一死，他拒绝认女，这一切都被天明偷听到，天明将巨子是月儿父亲之事告诉月儿。班大师带着众人来到机关城，天明与盖聂赌气不听劝引发机关。少羽带着天明和月儿进入禁地一探究竟，想不到却中了机关，班大师对孩子们的不懂事大为干火。
第20集
巨子组织大竞技，韩信和樊哙接连不敌少羽。耐不住的天明也想上场比武获得众人赞赏，当他一爬上旗杆便引得众人担忧，大家担心天明再度发病。盖聂认为天明的逆反他有责任，但当他向天明道出当年荆轲之死的原因时，却令天明更加愤怒。月儿意外得知巨子得了绝症，她借看病试探巨子，巨子有意回避。胡亥没能抓到墨家首领，嬴政斥责胡亥无能，赵高答应帮胡亥解决问题。赵高深夜拜访卫庄邀他与自己结为同盟共破墨家机关城，他以重振七杀门之威来诱惑卫庄并最终如愿结盟。雪女筑内的一根羽毛飞出泄露了机关城的位置，卫庄找到墨家的宿敌公输家，并说服公输家掌门公输仇为他效力。在白凤的消息下卫庄带兵找到机关城大致所在，他设计诱出城内墨家弟子。樊大锤中断替天明传功带兵出城，天明邪力发作性命有危但却拒绝盖聂为他传功，在盖聂的一番训斥下他才有所悔悟，而出城的一众墨家弟子均有危险。
第22集
高渐离与雪女一同出城营救樊大锤，雪女使出白雪幻术方击退妖女蛊虫。张良与端木蓉在检查伤员时发现多出一具尸体，由此众人推断是墨玉麒麟易容混入了机关城，尽管提高防备但班大师依旧被他刺伤。墨玉麒麟在城内蓄水池中下奇毒鸩羽千夜，端木蓉有所察觉但并未找出异常，这让蓉儿疑惑又担忧。次日机关城水源被截，如卫庄所料他们启用蓄水池后全城皆中奇毒，幸得端木蓉紧急用药应对。公输仇看时机已到便自水路潜入机关城内.
第23集
公输仇自水道暗自潜入机关城内，原来当年他埋伏墨家妄图进入禁地内一探究竟，但诡异的言行被继任巨子的大师兄所怀疑，故意假死试探出他的真身份，慌忙逃窜之时公输仇的左手被机关所废。此番他重回城内欲再进禁地，他巧言骗过路过的天明少羽与月儿，让他们经过试炼关卡进入禁地，而自己通过关卡运行后产生的密道也潜入其中。天明少羽一心挽救城内众人，尽管月儿对公输仇有所怀疑他们却依旧进入禁地的试炼关卡。
第24集
天明与少羽和月儿一路前进直至进入禁地的龙喉，触动机关使得天地大动险些丧命，幸好月儿以星宿之理使一切停止。在龙喉中月儿意外发现了自己的儿时爱物幻音宝盒更由此确定了父亲对母亲与自己的感情。盖聂令墨家弟子假意败北引诱卫庄一行上当进入机关城内，本欲瓮中捉鳖却不想卫庄一行依旧能迎战。少羽与天明月儿分开以两路出行，他们分别遇上了棋局考验以及机械兽的追杀。
第25集
少羽领悟墨家克而不攻的真义后赢得棋局保命，而天明在最后关头将月儿推入逃生之门，他将自己与机关兽同关密室之中，幸而最终安然脱险。雪女以幻术困住赤练与她厮杀，班大师意识到公输仇进入了机关城，急于去救天明三人的他却发现了另一个“班大师”，墨家弟子无从分辨谁真谁假。天明听信了公输仇的谎言去关闭玄武闸，而之后赶来的少羽意外听到了公输仇真正的阴谋，在少羽的及时阻止下才未酿成大祸。端木蓉被蛊虫所胁迫，幸得盖聂及时赶到斩杀蛊母使妖女遭反噬而亡。赤练不顾自己身受重伤一意孤行要去救卫庄让白凤更加愤恨不已。雪女因受赤练之毒命悬一线，高渐离不顾自身安危为她传功解毒。班大师揪出了墨玉麒麟假扮的自己，在听到天明三人的遭遇后他更加确认了是公输仇重返了墨家。他对天明他们说起了当年公输仇隐瞒身份入墨家最终被巨子揭穿的恩怨往事。
第27集
天明听到班大师所说的魔家之术的真谛后大为触动，他为自己的一无所长而悲痛恼怒，盖聂以真正的侠义之道指引他平复心境。盖聂独自迎战卫庄，他以百步飞剑一举获胜却不料白凤于身后偷袭，端木蓉为救盖聂而自己受伤。巨子打算毁掉机关城以成全公子扶苏，众人乘升降梯逃生，但卫庄却破坏了机关，逃生之门因此无法打开。班大师说只有下到墨规池打开玄武闸才能打开逃生门，天明跳入池中用玉煞之力打开了玄武闸，众人得以解救。
第28集
自知时日无多的鞠玄将所有内力传给经脉尽断的天明，他并将巨子之位传给天明。得报家仇后的公输仇疯掉，赤练得知卫庄仍埋在机关城，悲痛的她不相信卫庄会死。扶苏救出困在机关城的秦兵，得救的秦兵表示愿尽忠于扶苏。鞠玄临死前与月儿相认，他要天明尽心辅佐扶苏并照顾好月儿，但墨家其他人和少羽并不服天明当巨子。
第29集