第1集
秦兵押送途中，大毛晕倒，村夫小子荆天明仗义喂水，被官兵呵斥。天明不服，却被鞭子抽晕过去。待天明在暴雨中醒来，却发现周围血流成河，官兵尸首遍地。望着此情此景，天明不知发生何事。赢政看密报，得知当年刺杀自己的荆轲之子尚在人间。十三年前，秦王妃子丽姬以死换取她和荆轲的孩子一命。如今找到这个叫荆天明的孩子，必当斩草除根。殊不知赢政身边的红人，天下第一剑客盖聂，正是受荆轲所托，潜伏在赢政身边的人。如今知晓赢政要除掉天明，连夜快马赶出咸阳城，前去保护荆天明。盖聂的一举一动，全在墨家监视中。盖聂一出城，墨家消息网就在全国传开消息，被东皇太子藏匿多年的荆天明出现了。荆天明一回到村里，村长就说他杀了官兵，带他去官府自首，否则全村老小死路一条。天明只知从小到大，一直有个神秘女孩在保护他，却不知是谁。其实是听命于东皇太一的少司命。盖聂抢在赢政的亲兵到来之前，把天明救出来，天明不知盖聂为何人，想逃走。墨家医仙端木蓉一直认为荆轲为盖聂所害，大骂他在秦王身边当了十三年的走狗。
第2集
荆天明欲和项家翩翩公子项少羽单挑，却根本不是对手，被项家关押在柴房。秦王得知盖聂把孩子救走，暴怒。端木蓉在项府找到天明和盖聂的关押处，欲相救，却被项少羽发现。这时秦王派来的重兵包围项府。项氏以为端木蓉是奸细，把他们一家出卖给一直想剿灭他们的秦王。秦兵杀进项府，混战中项家寡不敌众，和背着盖聂的天明，端木蓉一起被官兵围住。这时墨家首领东郭植带人赶到，杀退官兵。张良断后，摆下八卦慑心阵，让官兵无法近身。墨家首领东郭植对美貌泼辣的端木蓉一向爱慕有加，总想引起她的注意，端木蓉却总是对他恶语相向。张良欲撮合墨家与项家合作，一起对抗秦王。月夜之下，墨家早已安排好船只前来接应。荆天明和项少羽同时被站在船头温柔婉约的姑娘迷住，原来她就是墨家巨子的女儿高月。项家一众被带到墨家休养生息之地——墨家guǐ • cūn，隐匿于绝岭雄峰之间，集结了墨家深厚的智慧，是天下所有反秦势力最后的堡垒。guǐ • cūn口就有张良布下的奇门遁甲之术，外人如若贸然闯入，就会迷路找不到出口。
第3集
盖聂不肯说出当年真相，端木蓉怀恨在心以残忍的手段为他疗伤。天明讨好心上人却被高月施针麻痹了身体，他只能眼看着少羽向高月大献殷勤。少羽在高月面前力邀天明比武，天明武功不济却使诈夺胜。盖聂病况稍有起色，天明拜师却被他拒绝。剑圣盖聂的风姿动人，医仙端木蓉芳心萌动。杀手易容成勇叔欲掳走天明，此时勇叔尸体被人发现，天明侥幸逃过一劫。
第4集
guǐ • cūn不断有人离奇死亡，少羽和天明跟踪发现铃儿和假勇叔私会。端木蓉怀疑盖聂是凶手遂欲对他狠下杀手，天明和少羽及时赶来阻止。铃儿谋害高月被当场揭穿，原来她是杀手蛊娘，蛊娘和guǐ • cūn众人大战最终败退。秦兵围剿guǐ • cūn，项氏一族助墨家迎敌。卫庄被收买杀死盖聂，然而二人相见却牵出一段纠葛。盖聂和卫庄曾是七杀门的人，卫庄为救盖聂埋身火海并从此对盖聂心怀仇恨。
第5集
盖聂被卫庄打败，而天明忽然被邪术控制大开杀戒。天明自幼身怀异能且由阴阳家云中君教导，盖聂希望端木蓉消除天明的异能。众人否认卫庄曾经出现，天明误以为被邪术控制只是梦境。项氏一族不愿遵从墨家号令单独离开，少羽独自留在墨家。东郭植和天明等人到洛阳后受到巨富金万两热情接待，并被安排住进雪女掌管的妃雪阁，随后天明等人惊悉金万两就是墨家巨子。高渐离通过雪女的乐师考核，雪女其实早年便倾慕他的才华。第6集
卫庄揭穿东皇太一就是中车府令赵高，原来赵高系羲氏一族，当年赵国与秦军一战大败，羲氏一族被赵王怪罪占卜不利而遭灭族，赵高为复兴羲氏而潜伏在秦王身边。为了抢床睡，不懂武功的天明竟与少羽打成平手。少羽将天明曾发狂之事告之，并对天明异能进行测试，谁知竟令天明误打误撞找到了操控异能的方法。
第7集
少羽装扮成女人和天明一起教训算命骗子，却不想反而引来官兵的追捕。天明控制不了力量而晕倒，少司命救了天明，却对天明心念高月感到不悦。少司命将天明送回原处，高月用她莫名的灵力救天明醒来。盖聂虽将天明是荆轲之子的身世告诉天明，但他无法说出荆轲是死于自己手中。端木蓉为天明去除邪力，恢复正常的天明感到失落。
第8集
雪女为她的舞蹈表演向洛阳城内的达官贵族散发请柬，连平时不愿露面的雁春君也大驾光临。高渐离在雪女舞蹈表演时行刺雁春君，但被雪女看穿化解危机。高渐离与盖聂相遇，高渐离将雁春君就是当年出卖七杀门的叛徒告诉盖聂。雪女偷偷来见盖聂，原来她也曾是七杀门的人，雪女曾经爱慕七杀门长老高渐离。高渐离劝说雪女帮他复仇，但雪女表示七杀门是她最大的噩梦，她拒绝报仇。
第9集
盖聂拒绝复兴七杀门，高渐离深感失望。雁春君收下了雪女的拜贴，雪女和高渐离来到雁春君府见到的却是卫庄。卫庄杀了雁春君，他回忆起当年继承了死门的职位，并被当年是鲍长老的雁春君利用害死了掌门，他记恨高渐离当年只救了盖聂，没有救困在火场的自己。高渐离向卫庄道歉，但他并不后悔自己的选择。天明和少羽等人来到染坊，岂料危险很快来袭。
第10集
染坊被易夫子布下阵法，端木蓉火烧阵法救了天明等人。端木蓉意外解开天明身上的咒印释放出了邪力，天明的身体却无法承受邪力濒临崩溃，端木蓉束手无策非常自责。高渐离不告而别，雪女随之远走天涯希望能够找到他。少羽驾驭墨家班大师改造的马车，岂料结局极其惨烈。盖聂在巨子和端木蓉的面前说出荆轲刺秦的真相，他和荆轲本是意气相投的兄弟，而荆轲死于他的剑下也另有内情。荆轲留下遗书希望秦国一统后选定贤良之人统治天下，盖聂认为扶苏就是贤良之人。端木蓉难以压抑对盖聂的好感，东郭植为失恋而痛心不已。天明总是做着同一个噩梦，梦见父亲荆轲刺秦却死在盖聂的剑下。天明把心事告诉高月，高月将父亲鞠玄和太子丹策划荆轲刺秦一事娓娓道来，而刺秦失败也让鞠玄和太子丹受牵连被追杀而亡。
第12集
聂答应教天明剑法却不打算收他为徒，天明为此愤愤不平，然而端木蓉看出盖聂此举是为了方便日后天明为父报仇。端木蓉和盖聂彼此钟情，然而未能宣诸于口的情感让二人颇受折磨。盖聂制作剑谱交给天明后不告而别，端木蓉追随而去却在途中被卫庄擒获。盖聂和卫庄自小结义却因命运捉弄而互相为敌，他们即将一战。赤练在比武结束后偷袭，端木蓉为救盖聂中毒。
第13集
盖聂挥剑向赤练逼讨解药，岂料天纵奇才的端木蓉已经施针为自己解毒。卫庄救了遭遇灭门之祸的赤练和白凤，并将他们培养成杀手，而赤练也在成长的过程中对卫庄交付痴心。盖聂说出离开的原因，他不想端木蓉将来在他与天明之间的恩怨中为难。高渐离沉浸在痛苦中无法自拔，雪女在屋外吹萧，高渐离这才发现以前曾经与他琴萧合奏的女子就是雪女。
第14集
天明在与月儿外出时再度晕倒，在梦里天明的身体分裂成善与恶，天明被告知父亲被盖聂所杀的真相，月儿再度用她的灵力让天明平静下来。赤练和白凤去杀盖聂，盖聂将其制服却仍旧放两人离去。大司命和少司命出现在天明面前，大司命以寻找盖聂杀荆轲真相为借口骗天明去咸阳。天明答应随大司命去咸阳，月儿发现天明的反常后阻止天明离去却未果。
第15集
天明一夜未眠，最终决定跟随大司命去咸阳，自己找出真相。月儿一路追赶天明来到了后山，被大司命用火墙挡住。天明担心月儿，却被大司命手刀击晕，交给少司命带往咸阳。听见大司命说要带天明去咸阳，月儿担心天明的安危，辞别少羽和班大师，一路快马加鞭，终于赶在马车之前找到了江边的巨子。月儿向巨子汇报天明被阴阳家的人带走，巨子怕天明卷入阴谋，安排小植和高月找韩信帮忙解救。天明询问扶苏，当年是否是盖聂杀了荆轲，得到了扶苏的肯定。但是，扶苏认为盖聂是个侠义之人，这么做必定另有隐情。天明询问公子扶苏对盖聂的看法，扶苏告诉他，盖聂心怀侠义行事磊落，是个难得的君子，自己之所以能够打消顾虑与巨子相谈，一方面是因为对墨家理念的认同，更重要的原因则是出于对盖聂的信任。少司命被东皇太一处以鞭刑，大司命心中疼惜无比，却不敢表现出来。月神与大司命一向不合，在看出大司命对少司命的喜爱后，三番五次的用语言刺激他，却反被其嘲笑“身为月神，却干着侍女的活”。盖聂等人回到了终南别馆，得知天明失踪，众人都非常担心。急性子的蓉儿立刻就要前去咸阳寻天明，恰好在门外见到小植带着天明和月儿回来。再次相聚，大家都很高兴，唯独天明对盖聂心存芥蒂，一直闷闷不乐。
第17集
蓉儿给天明诊脉，发现天明的病情恶化了很多，又奇怪他去咸阳做什么。询问月儿后得知天明已经知道荆轲是被盖聂所杀，受了阴阳家的蛊惑，所以才去了咸阳。经过月儿的提醒，蓉儿推测天明病情的恶化可能跟情绪有关。扶苏将巨子视作知音，命心腹去金府，将宫中的剿杀令传信给巨子。韩信得知秦王的计谋后，与家老用太平树的联络方式找到了巨子。巨子几次运功，想用内里将毒素逼出，却都以失败告终。月儿分析了最近发生的事情，推测商社被剿的事情与天明有关。为了不影响对天明的治疗，月儿叮嘱少羽不要告诉他。
第18集
少羽询问月儿对天明的格外关心，是不是因为心里在乎天明。月儿被说中心事，连忙借口医者仁心做掩饰。看穿了月儿的掩饰，又想到自己对月儿的在乎，少羽心中更加酸楚。面对天明的疑问，盖聂只说了是巨子的决定后，便一言不发。天明告诉盖聂，大家对他的隐瞒并不是保护，而是不信任。当年鞠玄（巨子）护送太子丹逃离燕国失败，为了躲避通缉，不给妻女引来祸端，鞠玄加入了墨家，之后更名换姓成为了墨家的首领巨子。为了墨家的事业，巨子无暇关心自己妻女。墨家发展壮大以后，巨子去找妻儿，却发现原本的家已经被烧毁，废墟之中找到了妻子碧华的一个盒子。巨子对自己这些年来的不管不问十分自责，于是跑去挖妻儿的坟墓，想把他们安葬在一个山清水秀的地方，永远陪着自己。
第19集
端木蓉将碧华是羲氏圣女一事告诉巨子，因为女儿遗传了圣女的血统，碧华被大司命带走之前偷偷将女儿托给端木蓉。巨子自觉此次中毒难逃一死，他拒绝认女，这一切都被天明偷听到，天明将巨子是月儿父亲之事告诉月儿。班大师带着众人来到机关城，天明与盖聂赌气不听劝引发机关。少羽带着天明和月儿进入禁地一探究竟，想不到却中了机关，班大师对孩子们的不懂事大为干火。
第20集
巨子组织大竞技，韩信和樊哙接连不敌少羽。耐不住的天明也想上场比武获得众人赞赏，当他一爬上旗杆便引得众人担忧，大家担心天明再度发病。盖聂认为天明的逆反他有责任，但当他向天明道出当年荆轲之死的原因时，却令天明更加愤怒。月儿意外得知巨子得了绝症，她借看病试探巨子，巨子有意回避。胡亥没能抓到墨家首领，嬴政斥责胡亥无能，赵高答应帮胡亥解决问题。赵高深夜拜访卫庄邀他与自己结为同盟共破墨家机关城，他以重振七杀门之威来诱惑卫庄并最终如愿结盟。雪女筑内的一根羽毛飞出泄露了机关城的位置，卫庄找到墨家的宿敌公输家，并说服公输家掌门公输仇为他效力。在白凤的消息下卫庄带兵找到机关城大致所在，他设计诱出城内墨家弟子。樊大锤中断替天明传功带兵出城，天明邪力发作性命有危但却拒绝盖聂为他传功，在盖聂的一番训斥下他才有所悔悟，而出城的一众墨家弟子均有危险。
第22集
高渐离与雪女一同出城营救樊大锤，雪女使出白雪幻术方击退妖女蛊虫。张良与端木蓉在检查伤员时发现多出一具尸体，由此众人推断是墨玉麒麟易容混入了机关城，尽管提高防备但班大师依旧被他刺伤。墨玉麒麟在城内蓄水池中下奇毒鸩羽千夜，端木蓉有所察觉但并未找出异常，这让蓉儿疑惑又担忧。次日机关城水源被截，如卫庄所料他们启用蓄水池后全城皆中奇毒，幸得端木蓉紧急用药应对。公输仇看时机已到便自水路潜入机关城内.
第23集
公输仇自水道暗自潜入机关城内，原来当年他埋伏墨家妄图进入禁地内一探究竟，但诡异的言行被继任巨子的大师兄所怀疑，故意假死试探出他的真身份，慌忙逃窜之时公输仇的左手被机关所废。此番他重回城内欲再进禁地，他巧言骗过路过的天明少羽与月儿，让他们经过试炼关卡进入禁地，而自己通过关卡运行后产生的密道也潜入其中。天明少羽一心挽救城内众人，尽管月儿对公输仇有所怀疑他们却依旧进入禁地的试炼关卡。
第24集
天明与少羽和月儿一路前进直至进入禁地的龙喉，触动机关使得天地大动险些丧命，幸好月儿以星宿之理使一切停止。在龙喉中月儿意外发现了自己的儿时爱物幻音宝盒更由此确定了父亲对母亲与自己的感情。盖聂令墨家弟子假意败北引诱卫庄一行上当进入机关城内，本欲瓮中捉鳖却不想卫庄一行依旧能迎战。少羽与天明月儿分开以两路出行，他们分别遇上了棋局考验以及机械兽的追杀。
第25集
少羽领悟墨家克而不攻的真义后赢得棋局保命，而天明在最后关头将月儿推入逃生之门，他将自己与机关兽同关密室之中，幸而最终安然脱险。雪女以幻术困住赤练与她厮杀，班大师意识到公输仇进入了机关城，急于去救天明三人的他却发现了另一个“班大师”，墨家弟子无从分辨谁真谁假。天明听信了公输仇的谎言去关闭玄武闸，而之后赶来的少羽意外听到了公输仇真正的阴谋，在少羽的及时阻止下才未酿成大祸。端木蓉被蛊虫所胁迫，幸得盖聂及时赶到斩杀蛊母使妖女遭反噬而亡。赤练不顾自己身受重伤一意孤行要去救卫庄让白凤更加愤恨不已。雪女因受赤练之毒命悬一线，高渐离不顾自身安危为她传功解毒。班大师揪出了墨玉麒麟假扮的自己，在听到天明三人的遭遇后他更加确认了是公输仇重返了墨家。他对天明他们说起了当年公输仇隐瞒身份入墨家最终被巨子揭穿的恩怨往事。
第27集
天明听到班大师所说的魔家之术的真谛后大为触动，他为自己的一无所长而悲痛恼怒，盖聂以真正的侠义之道指引他平复心境。盖聂独自迎战卫庄，他以百步飞剑一举获胜却不料白凤于身后偷袭，端木蓉为救盖聂而自己受伤。巨子打算毁掉机关城以成全公子扶苏，众人乘升降梯逃生，但卫庄却破坏了机关，逃生之门因此无法打开。班大师说只有下到墨规池打开玄武闸才能打开逃生门，天明跳入池中用玉煞之力打开了玄武闸，众人得以解救。
第28集
自知时日无多的鞠玄将所有内力传给经脉尽断的天明，他并将巨子之位传给天明。得报家仇后的公输仇疯掉，赤练得知卫庄仍埋在机关城，悲痛的她不相信卫庄会死。扶苏救出困在机关城的秦兵，得救的秦兵表示愿尽忠于扶苏。鞠玄临死前与月儿相认，他要天明尽心辅佐扶苏并照顾好月儿，但墨家其他人和少羽并不服天明当巨子。
第29集