四团为步兵团，兵员一千，团长由王伦兼任，下辖三个营，一营为盾阵营，由陈达任营长，二营为长兵营，由周通任营长，三营为射手营，由杨春任营长。
五团为混成团，兵员一千，团长也由王伦兼任，下辖三个营，一营为战车营，由欧鹏任营长，二营为机弩营，由邓飞任营长，三营为辎重营，由李忠任营长。
阿奇则充任王伦的贴身侍卫。
另外除了将梁山军团的编制进行了重组之外，王伦又设立了政务、军机二阁，总管梁山军政要务。
政务阁专管梁山内政事务，下设四处，分别为书记处、财务处、农渔处、掌印处。
书记处由萧让负责，专管行文记要。
财务处由蒋敬负责，专管钱粮账目。
农渔处由陶宗旺负责，专管农渔林畜。
掌印处由金大坚负责，专管印信令符，通传政令。
军机阁专管梁山军务，同样下设四处，分别为参谋处、军法处、督造处、军情处、
参谋处设军师二人，分别为朱武、朱贵，专管军情谋略，操演练兵，朱贵同时仍是兼任小王庄总管。
军法处由宣赞负责，专管军规法纪，监察赏罚。
督造处设督造四人，分别为孟康、侯健、欧鹏（兼任）、邓飞（兼任），专管督造战船、袍甲、战车、机弩。
军情处由段景柱负责，专管探听江湖消息，走报军情。
此番王伦重新整编梁山兵马，将原来互不统属的各处人马全部打乱分解，然后再穿插混组，重新整合，令其各司所职，前后足足忙了一月有余，才使梁山再入正轨。
王伦忙着整编梁山军团，成效甚是显著，但小舞却发了脾气，原来是小舞见梁山兵马扩充了数倍，一众头领各负其职，每人都有升迁，最低的都当了营长、处长，手下无不有着成百上千的人马。