在月球被炸毁七成后，杀老~师被世界政府通缉。在各国的暗杀失败后，杀老~师对各国政府提议，自愿成为椚丘学园三年级E班班主任。并保证不会伤害学生。
在防卫省的人将杀老~师带到E班后，便对学生们介绍自己便是炸了月球爆炸的元凶（实为柳泽夸太郎实验白鼠失败后所导致），打算在第二年3月破坏地球。
政府委托E班全员暗杀杀老~师，成功的报酬是100亿日元。于是各路同学想尽办法在保密的情况下进行暗杀老~师的计划，这场教师与学生之间的非日常学园生活开始了。
在杀老~师来到E班两周后，学生们几乎都适应了杀老~师在E班的事情。每天都积极暗杀，杀老~师也尽全力的教书，及躲避暗杀。
在一次课堂上，潮田渚被寺阪三人组威胁以手榴弹|自~杀式攻击对杀老~师进行暗杀，被杀老~师脱皮将其救下。随后也第一次在E班展露出漆黑的暴怒。
随后以极快的速度瞬间就将主谋寺阪等三人周遭的亲人的门牌搜集过来。警告他们以后如果再敢用这种伤害同学的方式暗杀，虽然与政府约定不会伤害学生，但不保证不会对他们的亲人，朋友动手。随后恢复成原来的颜色，并批评了他们几个。
从这之后潮田渚也对杀老|师有着好奇心和探测心，也对杀老|师有着绝对的信任。
暗杀行动仍在继续，渚逐渐发现了杀老|师的弱点，并将其弱点一一记录下来。
由于杀老|师的体育教学太过异次元，精锐部队出身的乌间担任起三年E班的体育老师，第一节课就让同学们大玩匕首。此时停学期满的优秀学生赤羽业回到了三年E班，第一次与杀老|师见面就对杀老|师的触手造成伤害（将制作匕首的材料裁成细条，粘在手心。与杀老|师握手时将杀老|师触手破坏）。不过杀老|师领教业的手段后，将业的暗杀行动一一化解。在业最后的一次暗杀中，救下了从悬崖跳下的业，并对他说;绝不会放弃一个学生。感化了原本因救助被欺负的E班同学而打伤高年级的优秀生，被老师训斥被打入E班，对老师心怀怨恨的业。随后也让业也逐渐融入班集之中。
杀老师英雄救美，帮助了一位金发美女。没想到这位美女竟是3年E班新来的外语老师，名叫伊莉娜·叶拉比琪。伊莉娜老师缠上了杀老师，面对美色杀老师竟然害羞变成了粉红色。而伊莉娜其实是政府派遣的杀手，她一到任就设下了自己擅长的甜蜜陷阱，伊莉娜准备利用美人计及各种机枪将杀老师暗杀，不过依旧没有成功。随后在杀老师的计划下，伊莉娜也正式成为E班的英语老师，并与学生成为朋友。
作为椚丘学院最高支配者的理事长浅野学峰来到了E班，他提出了让E班保持现状的要求，
认为老师的拼命补习也没有必要，而杀老师也反驳了他的教育理念。而考验就在明天的期中考试，杀老师用他的马赫速度作出几十个虚像分身来辅导学生。而学生们想着的只是能杀掉老师得到赏金，无心学习。这让杀老师十分生气，对学生作出宣言，如果没办法全班考入全年级前50名，就离开E班。
被要求考进年级前50名的同学们第二天也在考场上与试题展开了较量。但因学校严重超出学习范围出题，E班也因此惨败。杀老师在考试后十分自责，而先前因杀老师根据其自身能力而给予的超范围辅导，在这次考试中取得优异成绩的赤羽业，拿出考卷。用激将法刺激杀老师，成功激励杀老师与E班学生决定在下一次考试中赢过主校宿的学生。
三年E班即将迎来疑似刺客的二个转学生，第一个转学生已经来到了E班，学生们对此有些期待，但在教室里等着E班其中一个转学生的并不是人类，而是名为“自律思考固定炮台”的超智能机器人！自律思考固定炮台的任务是始终瞄准杀老师进行攻击，但杀老师却对这位刺客毫不在意。但她的行为却因影响上课让E班的学生反感。最终被杀老师的自主研发进行了985项改造，耗资20万日元。使其能与E班学生协调暗杀，不影响上课，并被学生们取了小律为昵称。但随后用被开发者将其改造删除、拆卸和格式化，但小律在删除前自主保存起来，在E班和同学们进行着愉快的校园生活。
正值梅雨季节，同学们从律那里得知另一个的转校生是个厉害的角色，过了不久。一名身穿白衣服的人进入教室。自称白先生，是新来的转校生堀部营的监护人。教室的墙壁被直接从外部被打破，随后进来一个人，正是新来的转校生堀部营，并且全身没有被雨淋过。在自我介绍时，自称是杀老师的弟弟，并发现他的爱好与杀老师相同。随后他便与杀老师下了战书，在放学后决战。
放学后的比试，使同学们了解到了兄弟的真正含义，瞬间斩断杀老师触手的小营竟也拥有触手，看到小营头发里伸出的触手后杀老师露出了愤怒的表情并质问他触手的来历。
营对杀老师展开猛烈的攻势，白在旁边不断削弱杀老师的能力，并声称自己知道杀老师的所有弱点。使杀老师头一次被逼进窘境。但随后杀老师看穿了营的攻击，将其击出场外。并建议营来E班学习，与E班学生相互配合。但讨厌学习的营听到杀老师的说教后，暴走了起来，白向其注shemá • zuì针，并将其带走。
随后学生们质问杀老师，当时为什么会那么愤怒。杀老师只告诉了学生自己是人工制造出来的超生物，并以‘没有意义’为由，没有回答学生的其他的问题。
学期末很快就到了，为了鼓励学生，以自己的触手为代价，奖励给能在单科上取得全校第一的E班学生一根触手（每失去一条触手，行动能力会直接下降20%，）另一方面E班同学得知，站在学校顶点的由浅野学秀率领的五英杰正打算在这次考试中将E班全面击垮。