在迪尔姆德·奥迪前往剿灭吉尔·德·雷的间隙，命令久宇舞弥绑架了肯尼斯未婚妻索拉·娜泽莱·索非亚莉，并以立下自我强制证文“针对卫宫家第五代继承者、矩贤之子切嗣，以肯尼斯·埃尔梅罗·阿奇博尔德以及索拉·娜泽莱·索非亚莉两人为对象，永远禁止杀害、伤害之意图及行为”为交换条件，要求肯尼斯“用光所有令咒，让迪尔姆德·奥迪自杀”，以致迪尔姆德·奥迪被自家御主令咒所迫，死在自己的宝具之下。但在迪尔姆德·奥迪死后，却因为自我强制证文只对卫宫切嗣一人有效，肯尼斯与索拉仍被久宇舞弥枪杀。
之后，爱丽丝菲尔将体内的阿瓦隆交给切嗣。不久，伪装成伊斯坎达尔的兰斯洛特杀害久宇舞弥并劫走了爱丽丝菲尔。切嗣以令咒转移Saber去追回爱丽丝菲尔，但爱丽丝菲尔仍被言峰绮礼杀死。
切嗣和最终对手言峰绮礼一起残留到战争末端，在圣杯的降临地冬木市民会馆与言峰绮礼进行最终的殊死较量，虽处于十分不利的境地并多次受到致命伤但在阿瓦隆的保护下迅速复原。决战中，杀死了虚假的“爱丽丝菲尔”但同时也受到了“此世全部之恶”的诅咒。最终，言峰绮礼被卫宫切嗣射杀（之后复活）。为阻止安哥拉曼纽诞生，在杀死兰斯洛特的Saber和吉尔伽美什对决中用2道令咒迫使Saber将圣杯破坏，结果却因在室内没注意到在天空中的“孔”，误劈小圣杯导致圣杯内的诅咒从孔中泄露，造成冬木市大火。第四次圣杯战争结束。
切嗣在圣杯战争结束后的大火焚烧地中拼命寻找着幸存者，将阿瓦隆放入了唯一幸存的濒死少年卫宫士郎身体内从而救活了他，并作为他的养父隐居了下去。
切嗣在第四次圣杯战争中赢到了最后，但却失去了一切。在十年前第四次圣杯战争结束时的大火中拯救了一名少年，给其取名卫宫士郎，作为他的养父在冬木隐居了下去。作为魔术师行动以外的时候，是一个极度尊重女性的人。对年幼的士郎说“令女孩子哭泣，日后必定会吃亏”
名为卫宫切嗣的人曾经拥有的目的和信念都随着那场大火化为了灰烬。从那片荒原中回来的不过是一个只有心脏还在跳动的残骸罢了。
隐居后的他不与任何魔术师往来，平静的生活着。和少年生活的五年里，在卫宫士郎的印象中养父是个无比伟大的人，对于他的这种感情，切嗣经常在内心感到惭愧。父子俩人一起度过的岁月中唯一的遗憾也是如此。在这段日子里，他像个大孩子一样，心地善良，面带微笑。
后来经不住士郎的软磨硬泡而教了他魔术。经常丢下士郎一个人到世界各地去旅行，其实是去德国爱因兹贝伦城希望能救出他的亲生女儿伊莉雅丝菲尔·冯·爱因兹贝伦，但都未能如愿，因为在第四次圣杯战争最后关头由于切嗣的背叛，爱因兹贝伦家才功亏一篑。爱因兹贝伦的结界拒绝他进入。
同时，他的肉体也正在一步步地走向衰弱，手脚萎缩，视线开始模糊，已经彻底丧失了施展魔术的能力，几乎和重病人没有什么区别了，逐渐失去能力的他连进入森林结界都十分困难，就连寻找结界的起点也无能为力，只能在风雪中彷徨，一直等到死为止。
五年后，切嗣知道自己已经时日无多，在人生的最后，切嗣在大空洞外的山体上制造了瘤，在大圣杯60年后再次盈满前，大空洞就会坍塌，终结圣杯战争，
除此之外这段时间他总是待在家里，沉溺于记忆之中：“自己的人生究竟是什么呢。”月色皎洁的夜晚，士郎向切嗣起誓，要代替切嗣完成他所憧憬过但未能实现的东西。一瞬间，切嗣回忆起了自己也曾在某个重要的人面前发过誓，当时他坚信自己心中所拥有的东西绝对不会失去。而那份自信如今已经忘记了，直到刚才的瞬间。
“老爸已经是大人了所以可能没办法了。但是我没问题。所以，交给我吧，把老爸的梦想。”切嗣相信，卫宫士郎这最初的想法和这宝贵而纯洁的祈祷，一定会成为最美的回忆永远留在他的心中。如果士郎真的继承了自己的理想的话，大概会开始无尽的叹息和尝尽无穷的绝望吧。但只要他记得今天这个夜晚，那么他一定能回忆起这个瞬间的自己。回忆起这颗毫无畏惧，不懂悲伤，心中充满憧憬的年幼的自己的心。这也是——不知何时遗失了自己，一点点在岁月中磨灭的切嗣所希望得到救赎。
即使士郎走上和自己一样的道路，也绝不会变成自己。在理解这一点后，心中所有的伤痕似乎都痊愈了。卫宫切嗣闭上了眼睛。随后，他带着满心释然，犹如睡着了一般，停止了呼吸。
爱因兹贝伦家没有能力再造出大圣杯，切嗣也不再与他们有关联。
卫宫切嗣既不是英雄也不是武士，而是一个杀手。他没有用生命与别人竞争的勇气和傲骨。所以他的目标就是小心谨慎地、用最小的风险确保取得胜利和生存的权利。
久宇舞弥为切嗣准备的都是千挑万选而来的拥有最高性能的新锐兵器，没有一样带有魔力。这些就是有着“魔术师杀手”之称的魔术师——卫宫切嗣所使用的异端做法。
魔术师的最大弱点，就是由傲慢而产生的大意。当他们面临战斗时，只会留意各类魔术，而其结果，就是他们轻视不依赖魔术的纯物理攻击，把它们当作次要性的威胁。通过与多名魔术师的战斗，切嗣得出了一个公式——出奇才能制胜，魔术师面对不靠魔术的攻击时更容易露出破绽。
绝大部分魔术师都只拥有一种魔术属性，能同时拥有两种属性的魔术师很稀少。切嗣的起源是“切断”与“结合”，魔术属性是“火”与“土”的双重属性。
卫宫矩贤在判定诞生的切嗣的“起源”时，因为那奇异的结果不知所措，而将婴儿命名为“切嗣”。大致上是“火”与“土”的二重属性。详细归划的话，是“切断”和“结合”的复合属性。那是他与生据来的灵魂形态，也就是“起源”的本相。
当然，他最为人熟知的一点便是，他是卫宫士郎的老子，而他，叫做卫宫切嗣……