HF线之中，被慎二劫持时，被强迫戴上藏有mèi • yào的耳饰，由于mèi • yào的效果会使感觉变敏感，使用的话会惊醒处于睡眠状态的刻印虫，令身体产生过度反应而失控。
因为身为黑圣杯的缘故，和身为正统圣杯的伊莉雅就本质上来说是相克的，因而双方关系极差，但伊莉雅也亲口说过，樱无论从哪个方面来说都是她喜欢的类型。
第一天早上，樱来到仓库叫醒士郎。第二天早上，士郎发现樱手腕上的淤血（可能是令咒），以为是慎二又动手打樱了，气得打算再教训教训慎二，但樱拼命为慎二开脱，说是自己不小心跌倒，士郎只有作罢。
第三天星期六，上学时，樱看到士郎手上的痕迹，士郎以为是淤血（其实是令咒），在路上，樱说星期六晚上和星期日都无法去卫宫家。
第五天，和士郎联手的凛住进了卫宫家，当天早上，为了避免樱被卷入圣杯战争，凛试图将樱赶出卫宫家，但暗暗喜欢士郎的樱难得地露出强硬地一面，以自己的方式默默拒绝了，这样坚定的樱让在场的人都很吃惊。因为凛的出现，感到威胁的樱这天早上没去弓道社晨练，而是和士郎、凛一起上学。但在学校门口，樱被慎二拦住，慎二因为樱早上未经其允许就缺席弓道社的晨练而大为光火，动手要打樱，却被士郎拦住。气急败坏的慎二随即命令樱今天不许再去卫宫家，幸好凛出面以强硬的气势赶跑了慎二，樱才得以逃过一劫。但慎二走后，温柔善良的樱却为慎二开脱，并对士郎说“请不要生气，因为哥哥只有学长这个朋友了。”
第七天，凛趁士郎没起床，与樱做了约定，交换条件是樱一周内不来士郎家，然后一周之后凛搬出士郎家，将樱赶出了卫宫家，凛对士郎的解释是以不希望将樱卷入圣杯战争。此后，樱直到一周之后，大结局的时候才再次出现。前三天和Fate线情节一样。第三天，和Fate线一样，樱说星期六和星期天都无法去卫宫家。
第四天，士郎领着Saber去学校参观，在弓道社看到了樱，士郎邀请樱晚上去卫宫家吃饭，樱很高兴地答应了。晚上的时候，樱被藤姐拉着一起住在了卫宫家（因为卫宫家只有Saber和士郎一男一女，藤姐比较担心），晚上三人住在同一个房间。
第五天，由于凛没有提出和士郎联手的提议，因而也没有住进士郎家。樱和藤姐、Saber三人又一起住在卫宫家，睡在同一个房间。
第六天，士郎在学校看到了慎二，慎二提出和士郎联手对付凛，但被士郎拒绝，慎二随即提出士郎既然要加入圣杯战争，卫宫家就太危险了，以后会禁止樱再去士郎家（其实是慎二害怕士郎将樱抓去当人质），士郎同意了。当天晚上慎二就打电话将正在卫宫家做饭的樱叫了回去。此时可选择去间桐家看樱，和樱在间桐家外面相遇，樱会告知士郎短时间内无法去卫宫家。
第八天放学后，可选去间桐家看樱，但遇到了凛，凛告知士郎，樱还因为学校被袭击的事躺在医院。
此后樱直到圣杯战争结束之后，在结局之中才出现，忙于照顾治疗中的慎二，圣杯战争结束一个月来只有周六周日她才会来到卫宫家。士郎曾有一次偷偷观察他们两个的情况，不知为何看起来相处得不错。士郎得知慎二是御主之后，为了保护樱，让樱搬入了卫宫家。在两人相处的过程之中，士郎慢慢发现了自己对樱的感情，樱也对士郎说出了自己的爱意。
对士郎又嫉又恨的慎二挟持了樱，命令士郎一个人赶去学校，在那里慎二命令Rider和士郎对打，试图将士郎置于死地。
Rider在战斗之中放水，士郎和赶来的凛、Archer也因此救出了樱，慎二逃跑时，让樱的耳环洒出了mèi • yào，刺激了她体内的刻印虫，众人也因此得知了樱才是间桐家真正的Master，以及樱的身体在过去11年之中所遭受到的凌辱和xìng • nüè待。
樱通过用魔术攻击自己来停止暴走，然后被送去教会治疗。当士郎跟凛为是否要杀掉樱争执时，在后堂听到一切的樱打碎窗户逃跑，后来被士郎找到，士郎向樱许诺只当她一人的正义伙伴。
因为身体被改造为伪圣杯，在吸收英灵的过程之中，樱做为人的机能逐渐丧失，同时污染圣杯的「此世全部之恶（安哥拉曼纽）」也影响着樱，让她在夜晚睡着之后以梦游的形式，出外袭击路人。
樱在樱路线以外都不会以“黑圣杯”的身份完全成长。被士郎这个“不想失去的人”所选上时，郁积至今的负面感情决堤，促使了「此世全部之恶（安哥拉曼纽）」的成长。
梦游时将来杀她的吉尔伽美什吞噬。因无法控制吉尔伽美什，同时害怕如果不赶快把他消化的话会被咬破，所以马上把他变换成了魔力。由于吞进了这设想之外的巨大魔力，一直勉强地保住自我的樱就像决堤一样坏掉了。
樱决定回到间桐宅了结一切。刚回家就遇到慎二，慎二在试图再次侵犯樱的时候被樱亲手杀死，对shā • rén一事樱的内心毫无波动，只觉得很开心，与梦中的shā • rén魔形象重合，于是认为自己从一开始就是疯狂的，不再压抑，接受「此世全部之恶（安哥拉曼纽）」的力量彻底黑化。