亚当恼怒莉莉丝打乱了自己的计划，与莉莉丝进行了一场惊世大战，那场战斗可以说是天昏地暗，日月无光，战斗中，智慧树被毁灭，黑之月被打入地壳，生命之树重伤，树根化作朗基努斯枪。亚当能量殆尽，失去行动能力的他只好等待使徒从生命之果中觉醒，完成补全从而乘坐月球离开，再次开始循环，而莉莉丝则同样重伤频死，下半身被蒸发。而这一次战斗，史称——第一次冲
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击。
由于智慧之树被毁，莉莉丝无力回收智慧之果，在无奈之下将自己的生命因子和已经结成的生命之果进行置换，并存放于世界各地，自身则进入冰层沉睡，一边养伤一边等待生命之果孵化，企图东山再起。
但是莉莉丝降临地球时扩散出去的智慧因子已经开始发挥作用，慢慢进化出了人类，人类在南极发现了假死状态的亚当，因为地球上所有生物都拥有亚当的生命因子，引发了亚当的苏醒，造成了第二次冲击，但区区一支科考队的人类的生命因子并不足以完全复活亚当，亚当只能被迫退化到胚胎状态，最后被人类封印在树脂之中，而在这个过程中，亚当也强行催化出了第十五颗生命之果——也就是后来的渚薰，因为这颗生命之果先天不足，因此孵化出的个体能够保持自我。
后来，人类发现了莉莉丝的残躯，并获知了莉莉丝的计划，企图通过人类补完让全人类逆袭莉莉丝，获得永久生命的同时，也不再有任何隔阂，具体方法是通过类似妊辰的作用，让全人类的人类意识汇于一体，以莉莉丝为母体，诞生而出，取代莉莉丝掌握生命之树和黑之月，进行宇宙旅行。
而这个计划的重点，就是人类补完计划的主导权。
因此，人类效仿第十五颗生命之果的事件，从莉莉丝体内提炼出了智慧因子，并孕育出了绫波丽，而作为祭品的就是碇真嗣的母亲碇唯。同样也用生命之果和智慧之果的技术培育出了eva，同时亚当胚胎也作为保险被植入碇源堂的手背。
随后，所有生命之果的置换完成，并逐渐开始孵化，按照生命之树的规则，进行如同养蛊般的战斗，并寻找亚当。
人类按照计划，成功战胜了所有使徒，并获得了与莉莉丝融合的权利，因为碇源堂手上拥有亚当胚胎并掌握着绫波丽，本应作为融合的主体，但初号机通过吞噬力天使，十分凑巧的拥有了亚当和莉莉丝的因子，使得碇真嗣同样具备这个资格，最后绫波丽选择了碇真嗣，也就是的剧情了。
分析了种种因由之后，冯雪眼中闪过一丝得意，“呵呵，那群二货使徒根本不知道，最接近成功的不是力天使，而是鱼天使那个白痴！”
没错，鱼天使，唯一一个已知的距离亚当仅有不过百米距离的使徒，但是它的目的，却是其三新东京市的莉莉丝，话说，它怎么就不想想，自己是个鱼啊！怎么上岸呢？
好吧，不说鱼天使那个笨蛋，说说亚当，亚当的胚胎，在原著中真正标明地点出现，便是在海上，由加持那个多重间谍携带，那也是唯一一个机会，因为那一次初号机不在，二号机又没有任何武器，同时也没有第三新东京市的支援，更没有好几十层的防护装甲，要知道，冯雪可不是力天使，没有一击摧毁全部甲板的攻击力！更何况亚当被带回第三新东京市之后，就会被碇司令植入自己的身体，由此可知，这碇司令所图不小啊！虽然后来因为凌波移情别恋，便宜了自己儿子也就是了……
不过就算得到了亚当，获取生命之树树根，却还是难点，虽然剧场版中进入补全状态的初号机一伸手就将月球轨道上的它招了下来，可天知道那算不算主角wài • guà！而且更大的问题是，自己能够获得亚当的时候，生命之树树根朗基奴斯之枪还在南极呢！