途经历予以高度评价。继任浙江巡抚杨昌浚评价说：“新贻在浙江巡抚任内，正值地方新复，加意抚绥，办理善后事宜，诸臻妥协，并将海塘工程督修完固，民赖以安”。朝廷对马新贻的评价谕曰：“马新贻持躬清慎，办事公勤，由进士卽用知县，历任繁劇。显凤年间，随营剿贼，疊克坚城，自简任两江总督，於地方一切事宜，办理均臻妥协”。马新贻勤政廉洁，遇事变通，深谋远虑，择贤任能，恪守儒家道德规范，善于学习外来先进的技术，积极推动洋务事业的发展，堪称彤郅中兴名臣。
但这样一个大臣，在遇刺身亡后，不但没有个确切的说法，还给泼了一脑袋的脏水。
案发三天后，朝廷谕令江宁将军魁玉督同司道审理，又派漕运总督张之万会审。起初刺客只供姓名，不说缘由，直至“熬审”四个月后才有供词。供词大致说：刺客名张文祥，为河南河阳人。韶光二十九年贩卖毡帽至宁波，结识同乡罗法善，取其女为妻，开小店为生。显凤十一年，长毛教匪席卷江浙，乃参军入李世贤部，转战东南数省。彤郅三年，李部败走，张逃回宁波，而其妻已改嫁吴炳燮。张无以为生，由做过海盗的龙启云资助仍开小店。彤郅五年正月，浙江巡抚马新贻至宁波，张递状控告吴炳燮霸占其妻，马以其妻自愿改嫁不准其状。张告之龙启云，龙言自己做海盗时曾遭马剿杀，故怂恿张刺杀马。彤郅八年，马升任两江总督，张同至南京，寻机刺杀，直至混进校场而得手。
这份供词是官方认可的定论，有犯人亲笔签字画押。但仔细推敲，显然理由不能服众。由于官方的公告对马新贻遇刺的原因说得过于简单而且语焉不详，所以民间对此事众说纷纭。最普遍的一种是马新贻“渔色负友”之说。此说构织了一个被民间津津乐道的桃色绯闻，塑造了一个侠肝义胆，为友复仇的刺客张文祥的形象，流传甚广，一些文人墨客也持这一观点，有人在书中这样描述：“初新贻为河南某城令，文祥与彭姓者，同为某贼魁攻其城，获新贻，欲杀之，新贻乞哀免。因劝令投诚，二人即与新贻缔盟结义，相约终身。彭为长，新贻次之，文祥又次之。已而新贻以二人功，渐升至监司，二人亦为参遊。先是彭有妻年少而美，新贻诱至署，私之。彭怒而语文祥。文祥曰：‘此汝妻乎？亦他人物耳。彼既同心，争而不义，不如逐之，吾与子遊可耳，此间岂可留哉？’彭不能决，文祥屡促之去，亦不应。一日新贻薦彭诣某公。彭忻然行，文祥愀然曰：‘殆矣。’往与之诀，己亦他去。未旬日，彭果以诛死闻。文祥哭之恸曰：‘不杀马非丈夫也。’因日炼药刃一，后新贻历任封疆，文祥尝伺其所至，不得间。一日，新贻往某庙行香，文祥伏案下，发刃不中，幸得遁。如是者三四次，至是卒手刃之。”
但这种说法却是破绽更多。一是如果张文祥与马新贻有这等兄弟关系，则随时随地都有机会刺杀，何必非要在校场动手呢？再说马新贻的弟弟马新佑自幼跟在马新贻的身边，直到马新贻被刺身亡。马新贻的事情他最清楚不过，如果马新贻因为“渔色负友”遭刺，那么他也应该接受朝廷最后为他哥哥保全面子的结案，而为何却至死坚称疑案未明，抱恨终古呢？马新贻的夫人在马新贻遇刺身亡后即吞金自尽，如果马新贻是个好色之徒，他的夫人怎能如此呢？
而张文祥在刺杀成功后所说的那番话也引起了很多官员的怀疑，“刺客即为吾张文祥，一人做事一人当，吾并无同伙，不要胡乱抓人。吾大功告成，现在可以跟你们走。”从一开始案犯张文祥就在强调他行刺马新贻的原因与他人无关，并无主使之人。而他刺杀成功后胸有成竹和从容被俘的情形，其实不难看出若无重大隐情和重大指使者，他的态度绝不会如此。而且在江宁将军魁玉的初审以及魁玉同漕运总督张之万会审加上刑部尚书郑敦谨和新任两江总督曾伯函的第二次会审呈报结果的奏折中都出现了“供无另有主使各情”、“并无另有主使之人”等语，反复强调此案幕后并无主使之人。
但越是这样越难免让人怀疑。朝廷对此也持怀疑态度，仁曦太后当时即下谕曰：“马新贻以总督重任，突遇此变，案情重大，张文祥所供各情，恐尚有不实不尽，若遽照所拟卽正典刑，不足以成信谳。”另外，此案的审理过程也更加充分说明了这一点：马新贻被刺后，首先由江宁将军魁玉以及藩司梅启照等人审讯，几经周折，所奏不过是案犯“言辞闪烁”，“一味支离”等话。而朝廷则相信幕后定然另有主使，故而加派漕运总督张之万奔赴江宁审案。张之万抵达江宁后，刺马案的审讯工作依然没有太大的突破，只得出张文详曾与海盗勾结，马新贻在浙江力剿海盗故而招怨。这样的结果使得朝廷动怒，于是再派刑部尚书郑敦谨飞驰江宁速审，同时敦促曾伯函前往江宁主持大局。即便是在号称铁面无私的郑敦谨以及两江总督曾伯函长达月余的审讯下，所得结果亦不出前番官员的审讯，只不过量刑更为残酷，将案犯张文祥的凌迟处死，另加剖心致祭。自始至终，可以说朝廷一直力主刺马案另有主使，并且不断降旨以推动审讯工作，前后轮番参加审讯的官员多达五十余人。但直到最终，各路官员也没有审讯出朝廷所谓的幕后主使。
而主审官曾伯函再次就任两江总督后的态度也颇令人难解。两江总督马新贻遇刺身亡，朝廷闻讯即刻调派直隶总督曾伯函回任两江。但是，他却上了一道“谢调任江督恩因病请开缺折”，固辞两江总督。朝廷自然以曾伯函老成持重，前在江南多年，情形熟悉，措置咸宜等语相劝，同时调遣李绍泉补任直隶总督以安大局。两江局面混乱，而曾伯函却迟迟不肯动身前往。曾伯函几经推托，朝廷几经敦促。最后，曾伯函才打点好行装准备动身。启程前，曾伯函恳请召见，以观察仁曦太后对江宁时局的看法。实际上，曾伯函一直都在密切关注着江宁的事态发展。刺杀案一出，江宁将军魁玉，他的门生布政使梅启照等就一直给他频频来函。象朝廷一样，曾伯函也非常关心那个幕后主使人有没有审出来。抵达江宁后，曾伯函却并不着急审案，每日里不过是聊天接客。在朝廷再次钦派的刑部尚书郑敦谨抵达江宁前，曾伯函唯一所做的与刺杀案有关的工作，不过是给马新贻作了一幅挽联，前往吊唁了一番，仅此而已。而后来在与郑敦谨共同审案的过程中，曾伯函又往往沉默寡言，极少发问。
崛起之新帝国时代目录第九百八十七章秘密查访
郑敦谨进行了将近半个月的审讯后，曾伯函不过是淡淡的提示郑敦谨，恐怕案子还得象以前那样奏结。曾伯函迟迟不肯就任两江总督，又表现出对刺杀案的消极态度，也让很多官员怀疑其中另有隐情。
其次是复审官刑部尚书郑敦谨的异常行为。郑敦谨是湖南长沙人。韶光进士，历任广东、河南、山西、陕西、直隶布政使，山东学政，都察院左都御史等职，素有“铁面无私”的声誉，后升任刑部尚书。刺马案生后，仁曦太后命郑敦谨前往复审，郑敦谨得谕后即刻星夜兼程抵达江宁，立意要将这个天下疑案审个水落石出。故而其抵达江宁后，稍事休息，便开始审案。怎料审案月余，案情仍与此前无异。最后，郑敦谨和曾伯函联名上奏审案结果。奏结虽然更加详细，行文更加缜密，但基本内容却仍照原奏拟定。所不同的是，第一，特别强调张文祥听授海盗指使并挟私怨行刺，实无另有主使及知情同谋之人。第二，对张文祥量刑更加残酷，除了拟以凌迟处死外，又增加了一条摘心致祭。最终，朝廷也不得不接受这一结案。但未等圣旨下达，更没等张文祥正法，郑敦谨便匆匆离开了江宁，曾伯函送的盘缠他分毫未受，他的两个随行的助手刑部郎中颜士璋和伊勒通阿倒是每人收了曾伯函的五百两银子。郑敦谨并未回京交旨，走到清江，他声称有病不能回京，只打两个助手代他复旨。按照朝廷规制，钦差大臣不回京复旨是要治罪的。随后朝廷下谕旨命其回京，但郑敦谨坚持以有病为辞，请求开缺，并终生不再为官。郑敦谨的两个助手回京后，颜士璋被放到兰州作替补知府，旋即回籍赋闲；而伊勒通阿随后也奉旨回乡颐养余年。
而会审官孙衣言给马新贻写的神道碑铭更是耐人寻味。碑铭称，“贼悍且狡，非酷刑不能得实。而叛逆遗孽，刺杀我大臣，非律所有，宜以经断，用重典，使天下有所畏惧。而狱已具且结，衣言遂不书诺。呜呼！衣言之所以奋其愚憨为公力争，亦岂独为公一人也哉！”孙衣言为江苏候补道，马新贻的亲信，他自始至终参与了刺马案的审理。此文一出，震惊朝野，舆论大哗，仁曦太后自然明白其中大有隐情。但是，又奈之若何？前后介入的审讯官员已达五十余位，审案也已长达八个月之久。马新贻已作古，朝廷无非加恩赐恤，以慰忠魂。仁曦太后又布上谕赏加马新贻太子太保衔，照总督阵亡例赐恤，入祀贤良祠，列国史传，并赐谥端敏。又令在江宁、荷泽、庐州等地建立专祠，春秋官为之致祭。其子马毓桢加恩赏给主事，分刑部学习行走。
对于朝廷的处理结果，马家人极为不满，马新贻的弟弟马新佑坚称“疑案未明，死不瞑目”，在编写完马新贻的年谱后抑郁成疾，不久病亡，马新贻的儿子马毓桢也因“连丧二父”而大受打击，精神一度失常。
岛津洋子在接触到这个案子的时候，先对当时两江一带的情形和大乾帝国的整体局面做了背景分析，然后结合案情和主审官员们的种种怪异表现，最后她得出的结论，刺马案实出自湘军集团谋划。
但湘军集团为何要置马新贻于死地呢？岛津洋子认为马新贻之死，端应在彤郅七年仁曦皇太后曾召见他，密旨让他调查湘军攻陷南京后圣平天国金银财宝的去向。
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