鉴于靖军海船较小，火力不足，朱亨嘉令兵部武备司舰船局组织专人仿造西夷人的风帆战舰。
其六、裁撤卫所
将各省卫所由都指挥史降级为指挥史，省级设指挥史（正三品）、指挥同知（从三品）、指挥佥事（正四品）、卫镇抚（从五品）等；府级设千户（正五品）、副千户（从五品）、所镇抚（从六品）；县级设百户、总旗、小旗若干。
改革以后，各省的卫所就相当于后世的预备役兼武装部。主要负责农闲时节组织各府县农夫训练，帮助正规部队募兵，紧急状态组织壮勇协助守城。
朱亨嘉取消了卫所官员的世袭制，改为由兵部任命。
令兵部派人清查卫所屯田，因为卫所制度早已崩坏，有些军田已经被侵占了几百年，所以特谕仅清查最近三十年的屯田。
四、民生方面
其一、取消军户、匠户的户籍限制，统一编为民户，允许他们自由择业。
其二、允许蜑户入民户籍，地方官员不得限制蜑户上岸、经商、科举等。
其三、规定民间田租最高只能收取十分之二，民间借贷最高只能十分之一。
其四、令工部督导各地修缮驿路。
其五、取消三饷，永不复征。
其六、取消徭役
原先的徭役改为雇役，由官府出钱雇人服役。此令一出，民皆悦之。
其七、官府开仓赈济饥民。
五、民族宗教方面
其一、各少数民族的寨主、头人、首领，只要愿意服从朱亨嘉统治，朱亨嘉一律承认其在自己领地的管理权，表现好的封以土官。
其二、鼓励少数民族人士参加科举
明文规定土民参加科举，土官不得阻拦。
其三、鼓励少数民族参军
明文规定土民投军，土官不得阻挠。
其四、鼓励各民族通婚
汉、僮、倮、夷各族通婚，每对新人奖励羊一只、酒两壶、粮五斗。
其五、尊重各民族宗教
鼓励儒、道、佛各家传教。
令在广西田州敢壮山上建布洛陀神庙。
令保护宗教寺观，刻印佛教经典、铸造供佛的香炉等器物。
为表明自己一贯尊师重道，朱亨嘉亲自去文庙祭祀孔子。
朱亨嘉又任郑封为广西巡抚、金维新为广东巡抚、胡执恭为安南巡抚，让他们在各地督促《明定国是诏》全面施行。
《明定国是诏》颁布实施后，取得了良好的政治效果。人心迅速安定。自明末以来多年不见的升平景象，竟然在朱亨嘉谋逆以后不到一年的时间里就出现了，连原先对朱亨嘉心怀敌意的隆武帝和鲁监国政权支持者也为之赞叹，称之为有“熙皞之风”。