公元799年，德宗命诸镇进讨不听朝命的淮西节度使吴少诚。
但因朝廷不设统帅，各镇军队每次出兵，都各自作战，务求自保，故而久战无功。
鉴于这种情况，德宗命夏绥节度使韩全义出任蔡州四面行营招讨使，统率诸镇。
韩全义懦弱无能，使官军两次大败，韦皋听闻诸镇无功，向德宗上疏：
“请任命浑瑊、贾耽为元帅，统领各军，如果陛下不愿意烦劳元老重臣，那么，臣请求带领精兵万人直下巴峡，东出荆楚，前去剿灭凶逆。
如若不然，则应趁着吴少诚请罪时赦免他，停罢两河各军，以使公私方面都得以休养生息，这也算是次一等的策略了。
倘若吴少诚他日罪恶满盈，被部下杀掉，便又要将吴少诚的官爵授给谋杀者。
这是除去一个吴少诚，又生出一个吴少诚，就会祸患无穷尽了。”
德宗同意，便在吴少诚遣使请罪时，下诏将其赦免。
韦皋在蜀地任职二十一年，加重征收赋税，以确保按月向唐德宗进奉钱财，以此来维系其恩典，但使蜀地财源空虚枯竭，时论对此颇有非议。
他在任时，属下各州私下都相互免除租赋，每隔三年，便豁免一次赋税。
韦皋属下的官员积年升迁品级较高的，就上奏保举他们为剑南辖下的刺史，或者再安排做府中幕僚。
韦皋凭借发放优厚的军饷来安抚部下将士，遇到将士婚配丧葬时，一概供给他们所需的费用，所以他能够长期任职，安然无恙，而将士们也愿意为他效力，他借此得以慑服南诏，挫败吐蕃。