经过一场大战后，第二代火影千手扉间为掩护部下撤退而与金角银角同归于尽。从此，金银兄弟二人因弑杀雷影与火影的罪名而成为了忍界史上最凶恶的重罪犯。
在日斩继位火影后，日斩任命团藏为火影辅佐，给了他极大的信任和权力，团藏则以“暗部培训部”的名义，培育了自己的势力——“根”，根组织比暗部隐藏得更深，所做的事也更加见不得光。三代默许了这些。团藏和根成为了木叶最直接有效的利剑，以“宁错杀，不放过”的姿态铲除村内外一切威胁，日斩曾让自己最喜欢的徒弟大蛇丸担任团藏的亲随，足见他对团藏的器重。
他常把“忍者要自我牺牲”挂在嘴边，但真正轮到他的时候，自己却做不到。日斩是阳光下永远温暖的火影，团藏是黑暗中杀伐果决的根。两人相辅相成，让木叶村再度成为了最强忍村。
木叶村一直有一个隐患，那就是封印在村内的九尾，初代火影死后，木遁这种封印尾兽的手段失传了，于是日斩和团藏举全村之力展开对柱间细胞的研究，想要让木叶重新拥有木遁，但随着大批志愿者在实验中牺牲，三代不得不喊停，所有相关记录都作为黑历史被封存，但团藏却没有放弃，他不在乎要牺牲多大，不达目的不罢休，他伙同大蛇丸偷偷从周边村落绑架婴儿，私自进行试验，六十多名婴儿几乎全部死去，但在残忍的代价下，真的有一例成功了，团藏培养出了除柱间外另一个能够使用木遁的忍者大和，因出于私心他并没有把大和的存在告诉日斩，但后来日斩发现这名木遁忍者的时候，并没有治团藏的罪，只是率领暗部将团藏的老巢里三层外三层的围起来，将那名木遁忍者要到了自己麾下，日斩对团藏非常宽容，只要他的罪行不闹的沸沸扬扬全村皆知。他都是睁一只眼闭一只眼的。
曾将有才能的孤儿兜用为间谍派往各国，之后又认为兜知道太多秘密，而策划他与孤儿院的院长野乃宇自相残杀。
他亦曾与其他野心家有所联系，如曾与雨忍首领山椒鱼半藏合作，怂恿半藏铲除以弥彦为首正在崛起的新势力，导致弥彦的死亡及长门（即后来的佩恩）性格理念上的扭曲；曾与大蛇丸有所接触，故为掩饰此事正加派人手追捕大蛇丸的助手药师兜。团藏以“一切都是为了木叶忍者村”的信念为由，在暗中进行着各种无法摆上台面的行动，以这种姿态支持着木叶的发展；而为了进一步贯彻自己的理念，身为鹰派代表人物的他一直有争夺火影之位的想法，在遴选第四代火影之时曾打算支持大蛇丸上位以加强自己手中的权力，但在日斩强烈的意愿下最终成为第四代火影的是自来也的徒弟波风水门，团藏的想法也因此没能实现。水门死后，再度企图争夺火影的团藏也在高层顾问们的质问下未能如愿，而由日斩重新担任火影之职。
此时，宇智波一族发动zhèng • biàn也被木叶高层注意，团藏也因此策划着一举铲除宇智波一族以绝后患的计划。因为他无法信任宇智波一族，所以夺取了本想阻止宇智波一族谋反的止水的右眼，并以“可以保全佐助的性命”为理由叫双重间谍身份的宇智波鼬做出选择。鼬一方面为了村子的未来，一方面为了保护弟弟佐助，而接受了灭族任务，并在之后成为叛忍，团藏的计划得以继续实行。
在“根”解散后，团藏曾一度失势，但仍有其成员待在暗部，甚至是继续效忠团藏。当纲手继任为第五代火影时，团藏对她继续贯彻日斩的政策而有所不满，并在新卡卡西班成立时安排自己的部下佐井进入新卡卡西班，让佐井在新卡卡西班的任务中暗杀已经成为叛忍的佐助，但后来由于种种原因而导致暗杀佐助的任务失败。团藏得知此事后，说出“感情带来仇恨，仇恨导致战争”的话语。
之后“晓”的首领佩恩为了捕获九尾而袭击木叶，团藏为了趁机夺取火影之位，而杀了正要前往妙木山通知战事的联络蛙孝介，试图隐瞒战事来牵制住鸣人的行动范围；并召集过去的“根”成员，下令让木叶陷于佩恩入侵的苦战中而不伸出援手。纲手在佩恩入侵一战后因虚耗过度陷入昏迷中，团藏便趁机在火之国会议中直指纲手已不能履行职责，应委任新一任火影，更力数过往火影治理上的不当，唯有自己才是最理想的人选，最终被大名指定为“第六代火影”。