团藏在成为火影后立刻将宇智波佐助定为叛忍并下达追杀令，亦允许雷之国忍者前往追杀。
后来前往参加五影会谈，他利用先前夺取的止水写轮眼控制了铁之国大将三船，企图夺取忍者联军控制权，但被拥有白眼的雾忍青所识破。于是团藏向其他四影说出自己有意效仿初代火影统一各个族落那样来统一整个忍者世界，并且会不惜一切代价来完成这个目的，这样忍者世界才能步入真正“和平”的道路，但他的想法遭到其他四影的反对。
而此时佐助也因为宇智波带土的讲述而知道关于鼬的真相，打算杀死木叶高层来告慰亡兄，并乱入五影会谈的会场企图刺杀团藏。佐助的行动遭到其他各影以及铁之国武士的阻止，团藏在混乱之中逃脱。
佐助在会场中被宇智波带土所救，之后和带土一同追上逃离会场的团藏。团藏利用先前获得的宇智波族人写轮眼施展了禁术“伊邪那岐”，让佐助发动的攻击变得无效。但在最后佐助利用写轮眼的幻术破解了团藏的伊邪那岐，团藏因此身受重伤，为了保存实力而挟持了在场的香磷打算逃跑，但一心复仇的佐助完全不顾香磷的安危，将团藏和香磷一同贯穿。团藏在临死前为了死守止水之眼，发动了里四象封印术打算与佐助、带土同归于尽，但最终失败。团藏在临死前感叹到自己到最后都没能成为火影，自己无论如何都无法追上日斩。并评价日斩和自己道“你是沐浴阳光的木叶。我是深埋地下的根。
而别天神这是止水的“万花筒写轮眼”特有的“最强幻术”。可以在不被察觉的情况下直接入侵对方的大脑，并永久、彻底的修改对方的意志。官方称此术为“支配意志之眼，让施术者所看见的人都化为他的傀儡！”。缺点是冷却时间过长，如果没有千手柱间的查克拉，冷却时间将长达十几年之久。
封印术舌祸根绝之印木叶暗部“根”专用的封印术，团藏对根成员的舌头上加上咒印，被施术的人要是说了任何有关他的事，就会全身麻痹，既说不了话，也动弹不得。团藏此用来束缚自己部下，让他们不能说出有关自己的秘密，在团藏死后，这些咒印也完全无效。
当然，团藏这人，是确实的黑，不是别人强加给他的。
因为这个家伙，本身就是最大的罪魁祸首，如果没有他的话，可能火影世界也不会是出现这么多的麻烦事情。
所以，林奇面对这个人，如果碰上的话，怕不是第一次就是要把他个吊起来痛扁一顿，才能发发自己的脾气！