根据大明天子和内阁的设计以及马世英这些时间在天竺的观察，整个天竺都护府的机构完全不同于唐朝的西域都护府。
为的就是让天竺世代供奉大明。
首先那些当地土王控制的城邦要全部重新整合。
一些坐落在易守难攻，地势险要的土人城邦全部要搬到易攻难守或者土地肥沃物产丰富的地方。
并且土人城邦的城池不能高过六尺，也不准拥有战象、火器和骑兵这些进攻性的武器和兵种。
所有的兵种都以维持治安的轻步兵为主。
还有那些人口过于庞大的土人城邦也要全部拆分。
每个城邦的土人人口原则上不准超过两千，由一位土王管理。
一旦有土人城邦的人口超过两千，多余的人口必须迁移出来，和其他城邦多出的人口一起组建新的城邦。
新城邦的土王由天竺都护府从忠于大明的土王子嗣中选择一个以后，去朝廷报备。
而且马世英还建议，相邻的土人城邦最好是有世仇或者矛盾，最少也要语言、宗教或者文化习俗不同。
这样可以防止这些相邻的土人城邦私下串联，不利于大明在当地的统治。
朱慈烺深以为然，立刻同意了马世英的建议，并且指示必要的时候可以挑拨土人城邦之间的矛盾，主动给他们制造点摩擦。
土人城邦之上，每二十个城邦，设置一个大明的卫所，每个卫所有六千户汉民人家。
卫所的所有军户全部从大明内陆搬迁至天竺。
各百户所、千户所的百户、千户通过考核后世袭。
指挥佥事、指挥同知和指挥使这些卫所高级管理由天竺都护府从其他卫所的中级管理者之中选任。
每十个卫所，设置一个都司，都指挥使由朝廷直接委派。
这样每个都司下面就控制四十万的天竺人口，
如果这个都司控制下的人口超过四十万，则由天竺都护府奏报朝廷以后新增卫所都司。
因为军制改革的缘故，无论是都护府还是本土的都司卫所，都不再从事粮食耕种，仅有的工作就是生产和制造兵器。
其他事情全部交给各卫所控制的土人城邦来完成。
每年这些土人城邦都要上缴大量的粮食、马匹和水果蔬菜以及用来制造兵器的原材料。